Ghost Recon: Breakpoint sera un titre concentré sur l'histoire de Cole D. Walker et les Opérateurs. Il y aura aussi des missions de Faction, qui sont des missions annexes avec une variété d'objectifs à découvrir. Matthew Tomkinson, le directeur UX, explique que ces missions seront les moyens de profiter du jeu au maximum.
"La première chose c'est qu'il y a plus de coordonnées et bien plus d'objectifs à choisir, qui pourraient être par exemple d'aller dans un camp et détruire un drone, ou encore rechercher des informations dans une nouvelle zone. Beaucoup de missions seront différentes de celles présentent auparavant, en plus certaines seront même évolutives avec de vraies histoires spécifiques et des cinématiques propres à elles. Ce sont celles qui seront renouvelées au cours des épisodes. Il y a vraiment une storyline, avec un début, un milieu et une fin."
Ce sera aux joueurs de choisir quelles missions ils veulent accomplir. "Les joueurs pourront choisir quelles missions ils veulent faire. Ils peuvent faire une mission pour plus de récompenses et choisir une mission qui n'influe pas selon l'histoire. Ou alors ils auront envie d'en apprendre plus et pourront choisir de faire les missions correspondantes."
Le monde ouvert sera gigantesque. "L'autre chose que nous avons faite, c'est un monde ouvert gigantesque. C'est vraiment énorme, ce que vous découvrez en faisant les missions principales n'est qu'un petit pourcentage de l'île."
"Avoir le libre choix est quelque chose d'important pour nous." C'est pourquoi les développeurs ont ajouté la possibilité de placer ses propres marqueurs et objectifs.