Après le fabuleux succès de The Ocarina of Time, une extension pour le 64DD, nommée Ura Zelda, avait été pensée. Eiji Aonuma, encore seulement designer en charge des donjons, était peu enclin à continuer de travailler sur un épisode qu'il considérait comme fini. Des réticences qu'il exprime au père de la franchise avec quelques créations façonnées de son côté.
Shigeru Miyamoto lui lance alors un défi. S'il finit un nouveau Zelda en moins d'un an, il sera lancé en tant que suite à part entière et il n'aura pas besoin de s'impliquer sur le projet Ura Zelda. Le jeu qui deviendra Majora's Mask mettra plus d'un an à être réalisé mais sera tout de même accepté, certainement grâce à sa qualité et son originalité indéniables.
Satoru Iwata, défunt président de la compagnie, avait d'ailleurs déclaré dans une interview sur le site de Nintendo que : « Majora's Mask a constitué un grand tournant pour Nintendo. Cela dit, j'ignorais totalement que c'était là le résultat d'une dispute (rires) ».
